第14章 10 阶段编排详解
Academic Pipeline 是 ARS 的"总调度"——它将 Deep Research、Academic Paper 和 Academic Paper Reviewer 三个独立 Skill 编排为端到端的学术生产管线。但它不是简单的顺序调用器。Pipeline 在三个阶段之间插入了两次诚信闸门、一次决策分支、两次苏格拉底式指导环节和一个协作评估层。
本文从编排器的视角，详解 10 个阶段的流转逻辑、checkpoint 机制和决策分支。
10 阶段全览
Stage 1: RESEARCH 🧑 用户确认 RQ + 方法论
Stage 2: WRITE 🧑 用户批准大纲
Stage 2.5: INTEGRITY ✓ 7 类失败模式检查
Stage 3: REVIEW 🧑 用户做出编辑决定
├── Accept ──────────────→ Stage 4.5
├── Minor/Major → Coaching → Stage 4
└── Reject ──────────────→ 结束
Stage 4: REVISE 🧑 用户确认修订
Stage 3': RE-REVIEW 🧑 用户确认复审决定
Stage 4': RE-REVISE 🧑 内容冻结
Stage 4.5: FINAL INTEGRITY ✓ 零容忍最终验证
Stage 5: FINALIZE 🧑 用户选择输出格式
Stage 6: PROCESS SUMMARY 🧑 最终确认🧑 = 决策重点 | ✓ = 诚信闸门
Stage 1：RESEARCH — 从模糊到聚焦
执行者：deep-research（13 个 Agent）
输入：用户的初始研究兴趣或问题
流程：
- RQ 提炼（research_question_agent）——将模糊兴趣转化为结构化 RQ
- 方法论设计（research_architect_agent）——基于 RQ 推荐具体研究设计
- 文献检索（bibliography_agent）——检索 + corpus-first 流程（如果有 Material Passport）
- 引用验证（source_verification_agent）——三层验证（S2 API / DOI / WebSearch）
- 综合分析（synthesis_agent + 质控组）——跨源整合 + 内部挑战
- 报告编译（report_compiler_agent）
Checkpoint：用户审阅 RQ Brief + Methodology Blueprint，决定是否继续。
这是 pipeline 的第一个也是最关键的决策点——如果 RQ 定义错了，后续所有工作都建立在错误的基础上。
Stage 2：WRITE — 从证据到论文
执行者：academic-paper（12 个 Agent）
流程：
- Intake（intake_agent）——接收 Stage 1 产出，配置写作参数
- 文献策略（literature_strategist_agent）——将文献映射到论文章节
- 大纲生成（structure_architect_agent） → 用户批准大纲
- 正文撰写（draft_writer_agent + argument_builder_agent）——v3.6.8 两阶段 Generator 合约
- 内部评审（peer_reviewer_agent）——v3.6.8 两阶段 Evaluator 合约
- 引用检查 + 摘要生成 + 图表生成
Checkpoint：用户批准大纲后才开始正文撰写——这是 Stage 2 内的子确认点，比 Stage 1 的确认更轻量。
Stage 2.5：INTEGRITY GATE ① — 第一道防线
执行者：academic-pipeline 闸门功能（integrity_verification_agent）
内容：
- 7 类 AI 研究失败模式检查（Mode 1–7）
- 30% 声明抽样验证（最少 10 条）
- Compliance Agent 检查（PRISMA-trAIce + RAISE）
- Material Passport 生成/更新
阻断条件：
- 任何模式被标记为 SUSPECTED → 阻断
- Mode 1/3/5/6 INSUFFICIENT EVIDENCE → 阻断（需要用户提供实验日志）
- Mode 2/4/7 INSUFFICIENT EVIDENCE → 可带警告通过（将在 Stage 4.5 重新检查）
最大重试：3 次。每次 FAIL 后回到 Stage 2 修正。
这是 pipeline 中不能被绕过的第一个闸门。详见第十五篇：诚信闸门。
Stage 3：REVIEW — 多视角同行评议
执行者：academic-paper-reviewer（7 个 Agent）
流程（v3.6.2 Sprint Contract 协议）：
- field_analyst_agent 侦测领域，配置 R1/R2/R3
- R1/R2/R3 各自独立运行两阶段合约（Phase 1 盲读预承诺 → Phase 2 可见评审）
- devils_advocate_reviewer_agent 系统性攻击
- editorial_synthesizer_agent 三步机械综合
- eic_agent 审阅综合报告，做出编辑决定
Checkpoint — 编辑决定：用户收到 Accept / Minor / Major / Reject 决定 + 修订路线图，选择下一步。
这是 pipeline 中最重要的分支决策点：
- Accept：跳过 Stage 4，直接进入 Stage 4.5
- Minor Revision / Major Revision：进入 Revision Coaching → Stage 4
- Reject：结束 pipeline
Stage 3→4：Revision Coaching — 苏格拉底式修订指导
执行者：eic_agent（扮演教练角色）
工作方式：苏格拉底式对话，帮助用户理解审稿意见和制定修订策略。不是"AI 替代你修改论文"，而是"AI 引导你思考如何修改"。
- 最多 8 轮对话
- 用户可以随时说"直接帮我改"跳过对话
- 产出不是文档形式的交付物，而是进入 Stage 4 的策略基础
Stage 4：REVISE — 执行修订
执行者：academic-paper revision 模式
流程：
- revision_coach_agent 解析审稿意见 → 生成逐点修订计划
- draft_writer_agent 执行文本修改
- 生成逐点回复（Response to Reviewers）+ Delta 报告（什么改了 + 为什么改）
Checkpoint：用户确认修订内容。
Stage 3’：RE-REVIEW — 验收审查
执行者：academic-paper-reviewer re-review 模式（精简 3 人团队）
核心工具：R&R 追溯矩阵（Schema 11）——独立验证作者的每一条修订声明。
Checkpoint：用户确认复审决定。如果仍然是 Major → 进入 Residual Coaching → Stage 4’。
硬性限制：最多 1 轮 RE-REVIEW + 1 轮 RE-REVISE。总共 2 轮修订循环（Stage 4 + Stage 4’）。
Stage 4’：RE-REVISE — 终版修订
修正 Stage 3’ 的残余问题后，内容冻结——不再允许新的审稿循环。论文内容到此锁定，后续只有格式转换和诚信检查。
Stage 4.5：FINAL INTEGRITY GATE ② — 最后防线
内容：
- 以零容忍标准重新运行全部 7 类失败模式
- 100% 声明验证（而非 Stage 2.5 的 30% 抽样）
- 任何在 Stage 2.5 被标记为 SUSPECTED 的模式必须在 4.5 被 CLEAR 或用户 Override
- 同一模式在 4.5 仍为 SUSPECTED → pipeline 拒绝进入 Finalize
无重试。Stage 4.5 是最后检查点——FAIL 意味着论文有 unresolved 的系统性问题，不能进入出版流程。
Stage 5：FINALIZE — 格式转换
执行者：academic-paper format-convert 模式
Checkpoint：用户选择输出格式（MD / DOCX / LaTeX / PDF）。
输出路径：
- Markdown（始终可用）
- DOCX（需要 Pandoc）
- LaTeX → PDF（需要 tectonic + 思源宋體 VF）
Stage 6：PROCESS SUMMARY — 过程记录
产出：
- 论文创建过程记录（Paper Creation Process Record）：MD + PDF，双语
- AI 自我反思报告：DA 让步率、对话健康警报、谄媚风险评级（LOW/MEDIUM/HIGH）、失败模式审计日志
- 协作品质评估章节（v3.5.0+）：综合各 checkpoint 的协作深度观察员报告
- 分数轨迹可视化（v3.3+）：跨修订轮次的逐维度评分变化
Checkpoint：用户确认语言和最终输出。
编排器如何管理状态
Checkpoint 三类
| 类型 | 触发点 | 作用 | 可否降级 |
|---|---|---|---|
| FULL | 阶段间关键转换 | 完整 5 题自检 + 可能的上下文重置 | 否 |
| SLIM | 阶段内子步骤 | 简化确认，但必须用户明确同意 | 否 |
| MANDATORY | Stage 2.5, 4.5 | 不可跳过、不可降级 | 否 |
中途强化（v3.1+）
每次阶段转换时，编排器注入对应阶段的 IRON RULE + Anti-Pattern 提醒——防止在长 pipeline 中遗忘关键约束。这被称为抗 Context Rot 锚定。
协作深度观察员（v3.5.0+）
在每次 FULL/SLIM checkpoint 和 pipeline 完成时，collaboration_depth_agent 被触发——但它永不妨碍流程。MANDATORY 诚信闸门（2.5 / 4.5）明确跳过观察员，避免稀释合规检查。
下一篇我们将深入 Stage 2.5 和 Stage 4.5 的诚信闸门——理解 ARS 如何在两次关键节点上确保学术诚信。
参考来源：
source/academic-research-skills/docs/ARCHITECTURE.mdsource/academic-research-skills/academic-pipeline/SKILL.mdsource/academic-research-skills/academic-pipeline/references/pipeline_state_machine.mdsource/academic-research-skills/shared/collaboration_depth_rubric.md
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